嗡阿吽有外内密三义。不过，在这三个层次上嗡代表身，阿代表语，吽代表意。它们代表一切诸佛的身语意转化功能的加持。
1、就外在意义而言，嗡净化一切身恶业（身有三恶：杀生、偷盗、邪淫），阿净化一切语恶业（语有四恶：妄语、恶口、绮语、两舌），吽净化一切意恶业（心有三恶：贪、瞋、痴。）。由于净化你的身、语、意，嗡阿吽提供诸佛的身语意加持。
嗡也是形色的精华，阿是声音的精华，吽是心的精华。念这个咒，你就是在净化环境、你自己和其他一切众生。嗡净化一切认知，阿净化一切声音，吽净化心及其思想、情绪。
2、就内在意义而言，嗡净化脉，阿净化气，吽净化明点。
在较深的层次里，嗡阿吽代表莲花部诸佛的三身，嗡是法身，阿弥陀佛；阿是报身，大悲观世音菩萨；吽是化身，莲花生大士。这个咒象征三身体现于莲花生大士。
3、就秘密的意义而言，嗡阿吽带来心性三个层面的证悟：嗡带来它源源不断的能量和慈悲的证悟，阿带来它光辉的自性证悟，吽带来它虚空般的明点的证悟。
